La DCE prend en compte la diversité des milieux aquatiques et leurs spécificités respectives à travers une classification basée sur leurs caractéristiques naturelles : la typologie.

Différents critères physiques structurants pour les écosystèmes sont pris en compte pour établir cette typologie. Les modalités de sélection des critères les plus importants et de leur application pratique ont fait l’objet de recommandations méthodologiques au niveau européen.

 Les critères utilisés sont:

- pour les eaux de transition : la salinité, le marnage, le mélange, le pourcentage de la masse d’eau couvert par la zone intertidale, le débit, la surface du bassin versant, la surface de l’estuaire et la turbidité ;
- pour les eaux côtières, le marnage, la profondeur, la vitesse du courant, l’exposition aux vagues, le temps de résidence, le mélange, les deux principaux substrats (natures des fonds) et le pourcentage de la masse d’eau couvert par la zone intertidale.

L’application de cette méthodologie au niveau national a donné lieu à l’identification de 9 types d’eau de transition, et 17 types d’eaux côtières pour la façade Manche-Atlantique (cf. tableaux ci-dessous)