Le phytoplancton est caractérisé à travers trois critères: la biomasse, l’abondance et la composition. Les métriques et grilles de classification sont disponibles et validées pour les deux premiers critères :

-  biomasse : percentile 90 de la concentration de surface en  chlorophylle a, pendant la période productive (mars à octobre) sur une période glissante de 6 ans

-  abondance : pourcentage d’échantillons pour lesquels un taxon dépasse une valeur seuil, calculé sur les données mensuelles acquises toute l’année, sur une période glissante de 6 ans. (valeurs seuil = 100 000 cellules/L pour les espèces de taille > à 20mm ; 250 000 cellules/L  pour les espèces de taille entre 5 et 20 mm)

Paramètres physico-chimiques : température, oxygène dissous, nutriments
L’évaluation de la pertinence et l’élaboration des grilles de classification pour les paramètres physicochimiques dans les eaux côtières et les eaux estuariennes font l’objet de travaux nationaux en cours. Seule la métrique pour l’oxygène dissous est actuellement disponible et utilisable pour l’évaluation de l’état écologique. Il s’agit du percentile 10 de la teneur en O2 dissous au fond, mesuré mensuellement pendant la période estivale (juin à septembre), sur une période glissante de 6 ans. La grille de classification est présentée avec celle du phytoplancton (cf tableau XX ci-dessus).