La définition du programme de surveillance pour les eaux de transition et les eaux côtières est encadrée par les circulaires DCE 2007-20 et 2007-25 du Ministère de l'écologie, qui définissent les paramètres et les fréquences de suivi, reprise par l'arrêté du 25 janvier 2010.

Le contrôle de surveillance porte sur une sélection de masse de masses d'eau prenant  en compte la typologie des masses d’eau côtières et de transition, et la nature et l’intensité des pressions anthropiques.

Le contrôle opérationnel est défini sur la base des masses d’eau identifiées comme ne pouvant pas atteindre le bon état d’ici 2015, et inclut, pour chacune de ces masses d’eau, le(s) élément(s) de qualité et le(s) paramètre(s) associés à cette impossibilité.

Le contrôle de surveillance concerne 12 masses d’eau côtières et 5 masses d’eau de transition.

Le contrôle opérationnel porte globalement sur 13 masses d’eau côtières et 7 masses d’eau de transition, dont respectivement 7 et 5 appartiennent aussi au contrôle de surveillance.